神宮は、宇宙開闢の神皇「天地身一大神」（「元無極體主王御神」）（またの名メシヤ）から、「天御光太陽貴王日大光日大神」までの天神七代、「天日豊本葦牙気皇主身光大神天皇」から二十六朝千百六十八代、そして神武朝の現代までの、代々の天皇皇后を合祀したお宮で、「皇祖皇太神宮」という。
本来は、「天祖人祖一神宮」と称して、天超根中国の皇城山（「神霊正典」ではオミンジョヤマ、元宮が富山市金屋宇平奥5643番地（奥羽山近く）に建立され、毎年8月大祭を施行）に還し、奉斎されていたが、上古第十代「髙皇産霊身光天津日嗣天皇」の御代に神勅があり、初代天皇以来、1293代の今上天皇までを合祀奉る神宮を、「皇祖皇太神宮」、万国の「五色人祖祖」（外国の国王、王妃、民主尊ら）を祀る神宮を「別祖大神宮」と改名された。 （内宮外宮の始まり）
代々の天皇は必ず、「皇祖皇太神宮」の大前で自ら祭主となって大礼祭を行い、即位後、「天津高御座」に御せられ、南面し、手には万国棟梁としてなくてはならない神劔「神日本魂劔」をもち、身には「天照日神」の稜威燦として十六方に光り輝くさまを現わした日輪章（菊型御紋章）をつけ、世界万国から集まった尊者民主の祝賀を受けた。
天皇が日本だけの天皇となったのは神武天皇以後のことで、それまでの代々の天皇は、一代に一度は必ず万国を巡幸（世界一周）されることを恒例とし、天空浮船に乗って巡幸されながら、万国それぞれの国王、尊者、民主に謁を賜り、任命されるなど、光明赫灼とした、正に万国の棟梁、世界天皇だった。神宮には、上古第24代「天之仁仁杵身光天津日嗣天日天皇」（五世続く）の御代に、懸族四社（護法守天空神、稲荷福主大神、赤池白竜神、五色商運神）をはじめ、九十七狐王の魂も祀られた。
また、不合朝六十九代「神足別豊
」天皇の御代にモーゼ、七十代「神心伝物部建」の天皇の御代に釈迦、神倭朝初代「神武天皇」の御代に老子、第三代「安寧天皇」の御代に孔子、第六代「考安天皇」の御代に孟子、第十一代「垂仁天皇」の御代にキリスト、第三十代「欽明天皇」の御代にマホメットと、それぞれ来日、参朝して修行して帰った。
このように、皇祖皇太神宮は特定の神だけをまつる神社ではなく、すべての神々をまつる神宮であり、ユダヤ教、道教、儒教、キリスト教、仏教、イスラム教すべてを包括する万教帰一の神宮。神州日本に生きる誇りを堅持し、世界の五色人もまた皇孫であるとの秘史の教えに従い、祖宗を祀り、世界の平和と繁栄の為につとめることが、神宮を奉斎する私達の使命。
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